Le choix des universités autonomes s’est fait sur 4 critères, qui ont servi à réaliser les audits :
- la gestion comptable et financière,
- la gestion des ressources humaines,
- la gestion des systèmes d’information,
- la gestion immobilière.
Ces universités autonomes disposeront d’un budget global, d’une prévision des moyens sur 4 ans et d’une gestion des ressources humaines et de la masse salariale.
- Liste des 20 universités autonomes en 2009 :
Aix Marseille 2 ; Cergy-Pontoise ; Clermont-Ferrand 1 ; Corte ; Limoges ; Lyon 1 ; Marne la Vallée ; Montpellier 1 ; Mulhouse ; Nancy 1 ; Paris 5 ; Paris 6 ; Paris 7 ; La Rochelle ; Saint-Etienne ; Strasbourg 1, 2 et 3 ; Toulouse 1 et Troyes.

Un soutien de l’Etat pour ces universités autonomes
L’Etat s’est engagé à accompagner ces universités sous trois formes :
- une dotation de 250 000 euros par université autonome pour soutenir les universités qui auront besoin de mettre en œuvre de nouveaux processus d’organisation et de changement ;
- un plan de formation triennal qui s’adresse aux personnels d’encadrement des universités ;
- un plan de requalification des emplois pour accroître l’encadrement (650 emplois de catégorie C ont été requalifiés en catégories A et B).