Les propositions formulées par la mission portent principalement sur l'organisation territoriale du système hospitalier, le pilotage de l'hôpital (statut de l'hôpital public, gestion des personnels, etc.), la continuité du parcours de soins, ainsi que l'enseignement et la recherche.

Afin de développer les complémentarités entre hôpitaux publics, le rapport recommande ainsi la création de « communautés hospitalières de territoires » : mise en commun sur un même territoire des moyens de différents établissements organisés autour d'un « hôpital référent », les « structures périphériques » se chargeant des consultations et soins palliatifs.

Ce rapport, ceux de la mission parlementaire sur les disparités territoriales des politiques de prévention sanitaire et de la mission « agences régionales de santé », ainsi que les résultats des négociations organisées avant la fin de l'été 2008 à la suite des Etats généraux de l'organisation de la santé, contribueront à la préparation du projet de loi sur la modernisation de l'accès aux soins prévu à l'automne 2008.