La mise en oeuvre des pôles d'instruction accompagne la réforme de la carte judiciaire. Ces pôles doivent permettre de remédier à la solitude des juges instructeurs, pointée du doigt par la Commission parlementaire qui s'était penchée sur l'affaire de pédophilie d'Outreau.

La liste des 91 pôles de l'instruction a été publiée au Journal Officiel le 18 janvier. Pour assurer leur viabilité, 34 postes de juges d'instruction et un nombre équivalent de postes de greffiers seront créés à l'automne 2008.
La loi du 5 mars 2007 impliquait, dès sa promulgation, la création de pôles pour les affaires criminelles et pour les affaires les plus complexes, puis la collégialité systématique au 1er janvier 2010.

Avec l'entrée en vigueur des pôles, une instruction pourra être ouverte avec au moins deux juges au sein du pôle dont dépend la juridiction concernée. Cela n'empêche en aucun cas, ensuite, de faire revenir le procès devant la juridiction initiale.