La fusion avait été réalisée dans 8 départements à titre expérimental et la préfiguration est désormais lancée dans quarante-cinq départements. Elle sera entièrement terminée en janvier 2010.


Le Conseil a également retenu le principe de la création d'une direction départementale traitant des questions de protection des personnes : sécurité alimentaire et sanitaire, protection des usagers et consommateurs. Cette nouvelle direction doit être bâtie rapidement. 
A cette occasion, Michel Barnier a déclaré : «  les directions départementales des services vétérinaires du ministère de l'agriculture et de la pêche seront au cœur de ce nouveau dispositif. Le ministère y jouera un rôle moteur en proposant tout prochainement que des expérimentations soient mises en œuvre afin de tester les différentes options ».

Ainsi, avec les nouvelles directions régionales comprenant tous ses champs dont l'alimentation et intégrant les services régionaux de l'office unique agricole, le ministère de l'agriculture et de la pêche disposera de tous les relais territoriaux nécessaires à son action.

Par ailleurs, le conseil de modernisation a décidé de la fusion de certains corps dont ceux des ingénieurs des ponts et chaussées et des ingénieurs du génie rural, des eaux et des forêts dans la continuité de la création des DDEA. 


Dans ce contexte, Michel Barnier a indiqué qu'il demandait au secrétaire général et aux trois chefs de corps du conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux de lui proposer, avant l'été, les perspectives d'évolution pour les trois principaux corps d'encadrement du ministère. Par ailleurs, il a indiqué qu'il souhaitait que les évolutions des autres corps du ministère soient envisagées dans le cadre de la réforme de la fonction publique.